目前，有机肥无污染处理方法主要有物理方法、化学方法和生物方法。物理方法，如暴露在阳光下、高温处理等，化学方法是使用化合物杀死（不能在有机食品生产中使用），以及接种细菌后的堆积、腐烂和堆积。
一、物理方法
1.曝光方法：利用阳光中的紫外线杀灭病毒、寄生虫、有机肥猜到的恶臭物质，如秸秆肥还田前、堆肥前、畜禽肥爆红后、沼渣肥使用前、人粪尿使用前等。该方法简单易行，省工省时，但营养损失大，容易污染环境，处理效果差。
2.高温处理：主要适用于堆肥，利用有机物分裂释放能量，提高温度，杀死肥料中猜测的病虫害。高温堆肥应掌握以下技能：
（1）堆肥要求含水量为干材料的60％~75％，用手握住材料时会有水滴挤出，表示水分合适。
（2）在堆肥堆放初期，应坚持良好的通风条件，必要时可设置通风塔、通风沟等，后期应坚持厌气条件、可拆卸通风塔、堵塞通风沟等，可卡紧、密封，保持营养，促进腐殖质积累。
（3）肥料内部温度可控制在50~60℃。当温度高于65℃为了保留氮素，可以翻堆或加水降温。
（4）要求脱肥材料的碳氮比为25∶1、有利于微生物分裂有机物。
（5）适合操作pH值。堆肥时，每500KG秸杆参加1～1.5公斤石灰等碱性物质，用于堆肥pH值调养在7.5摆布。高温堆肥的卫生标准是蛔虫卵死亡率达到95％~，有效控制苍蝇繁殖，堆肥周围没有活蛆、蛹或新羽化的苍蝇
二、生物方法
采用生物方法对有机肥进行无害化处理。什么样的肥料常用于有机食品生产。由于使用的微生物不同，有机肥无害化处理的堆积方法也很多。
1.“301”菌剂沤肥
“301”菌剂具有发育周期短、繁殖快、易栽培的特点。“301”菌剂能使秸秆在短时间内充分腐熟成秸秆肥，杀灭细菌、害虫、草籽，还田后培肥地力，增产效果显著。堆积腐败的关键是“喝足，吃饱，盖严”。喝足了就是秸秆需要充分湿透，充足的水分是纤维素水解的关键。吃饱了就要用足了。“301”菌剂和尿素。堆放时，将湿秸秆分三层沉积。一、二层各厚50~60厘米，三层厚30~40厘米，撒在每层上部“301”菌剂和尿素的剂量比自下而上为4∶4∶2.严格覆盖，即沉积完成后，做好泥封工作。如果冬季沉积，堆顶可以覆盖地膜加热，或者在堆内加入少量驴粪和马粪，方便前期升温。
2.催腐剂
堆叠技能方法是“水足，药均匀，密封严密”水足：按秸秆和水1∶1.7的份额使秸秆湿透，保证了醇厚期的水分要求。均匀用药:按照湿透秸秆量的0.12％施用催腐剂，用喷雾机均匀喷洒，边喷边搅拌。密封:将喷洒后的秸秆堆放成宽1.5米、高1米的秸秆堆，用土壤和泥浆密封，泥浆厚2厘米。
3.酶菌堆肥
配料是秸秆∶麦麸∶钙镁磷肥∶酶菌扩大菌∶红糖∶干鸡粪=50∶6∶1∶0.8∶0.1∶20（是材料KG数，不是百分比）。将麦麸，钙镁磷肥，红糖，酶菌扩大菌掺混匀称后，再和鸡粪一同依次撒在用水湿透的秸杆上，拌匀后堆于池中，稍微打压，每天观察沤肥温度，湿度。合适的堆温为60～65℃，湿度为50％~60％。当堆肥呈深棕色腐烂，有光泽，无异味时，说明酶菌堆肥已完成。
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